Вы играете за Аликс Вэнс, и вы — единственный шанс человечества на спасение. Контроль Альянса над планетой после инцидента в Чёрной Мезе только усилился: оставшееся население согнано захватчиками в города. Среди жителей остались и лучшие земные учёные — вы и ваш отец, доктор Илай Вэнс.